Le Pärnu JK Vaprus est un club professionnel estonien basé à Pärnu, la « capitale d’été » de l’Estonie. Vaprus naît en mai 1922 sous le nom de Sporting Society Vaprus, et participe aux championnats locaux de Pärnu, qu’il remporte en 1927 et en 1934. En 1937, Vaprus fusionne avec plusieurs autres clubs sportifs de la ville pour former Pärnu Kalev. Après la Seconde Guerre mondiale, puis durant l’occupation soviétique, le club cesse d’exister.

Le club est relancé en 1999, lorsque Aleksandr Padu – attaquant de Vaprus à l’époque de la première République d’Estonie (1932-1936) – et Reigo Tõnsberg se rencontrent au Kalevi Stadium de Pärnu et imaginent faire renaître le club sportif Vaprus. Avec le soutien financier de l’homme d’affaires Ivo Tah, les statuts du JK Vaprus réincarné sont approuvés et le club est officiellement enregistré l’année suivante.

En 2003, plusieurs clubs locaux fusionnent avec Vaprus, dont l’ancien club de première division Pärnu Levadia, donnant naissance à la structure que l’on connaît aujourd’hui.

Vaprus remporte l’Esiliiga en 2005 et obtient, pour la première fois, la promotion en première division estonienne. Mais l’aventure est brève : après trois saisons en Premium Liiga, le club est relégué en Esiliiga.

En 2010, Vaprus fusionne avec Pärnu JK et Pärnu Kalev pour former une nouvelle équipe, Pärnu Linnameeskond. L’ancien Vaprus poursuit alors son activité dans le football de jeunes jusqu’en 2014, année où il réintègre la pyramide estonienne avec une équipe senior. Pärnu Linnameeskond atteint l’élite en 2015, mais cesse son activité à l’issue de la saison 2016, et le Pärnu JK Vaprus hérite de sa place en championnat pour la saison 2017.

Vaprus retrouve la première division dans un stade fraîchement rénové. Même s’il termine dernier lors de ses deux campagnes suivantes, le club évite la relégation grâce aux difficultés financières d’autres équipes. Après ces deux dernières places consécutives, des changements radicaux sont engagés. L’ancien international estonien et joueur local Igor Prins est nommé entraîneur principal et conduit le Pärnu JK Vaprus à son meilleur classement historique en Premium Liiga : une 6e place en 2023, puis à nouveau en 2025.

En plus d’égaler ce meilleur résultat en 2025, Vaprus atteint un autre jalon : la vente de son jeune issu de l’académie et meilleur jeune joueur de Premium Liiga 2025, Marten-Chris Paalberg, au club français de deuxième division AS Saint-Étienne, pour près d’un million d’euros.