Le Nõmme Kalju FC est un club professionnel estonien. Il est fondé en 1923 par deux lutteurs professionnels, Aleksander Šneider et Mart Liiv. Le club est dissous en 1944 après l’occupation de l’Estonie par l’Union soviétique, et le bâtiment du club de Kalju est détruit par le premier char soviétique entré à Nõmme.

Le club est relancé en 1997 par l’ancien sélectionneur de l’Estonie Uno Piir, Vaarner Lootsman et le président du club de jeunes d’Ohtuleht, Anton Siht. Le Nõmme Kalju FC rejoint alors le système des ligues estoniennes et commence au plus bas niveau.

En 2002, le club est repris par l’actuel président Kuno Tehva, avec l’objectif d’en faire un club professionnel. En 2008, le Nõmme Kalju FC accède pour la première fois de son histoire à l’élite estonienne. Le président fixe alors comme prochain cap un titre de champion d’Estonie dans les cinq ans, ainsi que le développement du football de jeunes. L’objectif est atteint en 2012 : le Nõmme Kalju FC remporte pour la première fois le titre de Premium Liiga et découvre la Ligue des champions, en éliminant les champions de Finlande du HJK sur l’ensemble des deux matches, avant de s’incliner contre le Viktoria Plzeň.

Le Nõmme Kalju FC entretient une rivalité marquée avec le FC Flora, et l’affiche est connue sous le nom de « Railway Derby ». Cette appellation vient du fait que la gare de Kitseküla, près de l’A. Le Coq Arena (stade du FC Flora), et la gare de Hiiu, près du stade de Kalju, se situent toutes deux à moins de 500 mètres des enceintes. Ce derby particulier prend forme dans les années 2010, lorsque Kalju commence à contester la domination sportive de Flora. La rivalité est également alimentée par des tensions entre les propriétaires des deux clubs. En 2018, la signature par Flora de deux joueurs formés à Kalju provoque un conflit, Nõmme affirmant que Flora avait approché les deux joueurs avant le début de la période autorisée de six mois pour les pré-contrats. Depuis, aucun transfert n’a eu lieu entre les deux clubs.