Le Sūduva Marijampolė figure parmi les clubs les plus titrés de l’histoire du football lituanien, avec trois titres d’A Lyga, trois Coupes de Lituanie et quatre Supercoupes de Lituanie. Le club a aussi su capter l’attention à l’international, en attirant notamment des joueurs de renommée mondiale comme la star japonaise Keisuke Honda, ancien de l’AC Milan.

Ses origines remontent à une formation ayant existé brièvement en 1942. Sūduva dispute alors son premier match amical face à la réputée équipe du Sveikatos Kybartai, avant de s’inscrire dans les championnats du district de Suvalkija. Son antre, la Marijampolė Football Arena, est inaugurée en 2008 et peut accueillir 6 523 spectateurs, ce qui en fait l’une des enceintes les plus développées du pays.

L’histoire moderne du club prend véritablement forme en 2002, lorsque Sūduva retrouve l’A Lyga et termine à la 6e place. Sur la scène nationale, le bilan reste mesuré, mais l’épopée européenne marque les esprits : en Coupe UEFA, Sūduva renverse Brann Bergen 3-2 à l’aller comme au retour, avant de tomber face au Celtic au tour suivant. En 2005, le club décroche ses premiers grands succès, avec une médaille de bronze en A Lyga et une Coupe de Lituanie. La dynamique se prolonge en Coupe UEFA, avec un parcours notable, stoppé par le Club Bruges au deuxième tour de qualification.

L’âge d’or s’étire ensuite de 2017 à 2019. En 2017, sous la direction de Vladimir Čeburin, Sūduva conquiert son tout premier titre d’A Lyga, avec 71 points, quatre de plus que le Žalgiris. Dans la foulée, le club signe une campagne historique en Ligue Europa, jusqu’au troisième tour de qualification. La domination se confirme en 2018, avec un deuxième sacre consécutif et une Supercoupe de Lituanie. Sūduva fait aussi la une en sortant l’APOEL Nicosie lors des qualifications de la Ligue des champions, avant de céder face au Crvena zvezda. En 2019, le club rafle les trois grands trophées lituaniens — A Lyga, Supercoupe et Coupe LFF — tout en établissant un record de 87 points en championnat. L’aventure européenne se nourrit d’un succès spectaculaire contre le Maccabi Tel-Aviv, mais s’achève en barrages de Ligue Europa, éliminé par le Ferencváros Budapest.

La saison 2020 marque un recul : Sūduva termine deuxième du championnat et s’incline en finale de la Supercoupe comme en finale de la Coupe LFF. En mars 2023, le club engage un vaste renouvellement, axé sur les talents locaux et la jeunesse, et nomme à la tête de l’équipe première Dovydas Lastauskas, enfant de Marijampolė. L’exercice se conclut par une 6e place en championnat et une élimination en quarts de finale de la Coupe LFF aux tirs au but.

La saison 2024 s’avère compliquée, plusieurs problèmes touchant l’équipe première. Malgré la deuxième meilleure défense du championnat en nombre de buts encaissés, Sūduva affiche aussi la plus faible production offensive (33 buts, comme deux autres équipes). Le club termine 9e sur 10 et ne se maintient qu’au terme d’un barrage de relégation arraché de justesse.

En novembre 2025, Mantas Agentas, PDG de la grande entreprise locale « Mantinga Group », devient le nouveau président de Sūduva. Dans la foulée, le club opère un rafraîchissement de son identité, avec l’introduction du logo actuel, un budget revu à la hausse et des ambitions plus élevées pour la saison 2026.