Le FK Auda possède une histoire longue et mouvementée, à l’image d’un club resté en vie à travers des décennies d’occupation et de bouleversements sociopolitiques en Lettonie. À sa création en 1969, le club s’appelait « Le 9 mai » et dépendait d’une coopérative de pêche du même nom : ses membres forment alors une équipe et s’inscrivent au bas de l’échelle des compétitions nationales. Le nom FK Auda vient, lui, de la coopérative AUDA, fondée en 1991 à Vecmīlgrāvis – un quartier au nord de Rīga, non loin de l’estuaire de la Daugava – créée pour remplacer la coopérative de pêche entre-temps disparue. Mais, tandis que l’industrie de la pêche à grande échelle décline rapidement, le club de football s’éloigne lui aussi progressivement de ses origines.

En 1992-1993, le FK Auda est brièvement rebaptisé Riga FK, reprenant le nom d’un célèbre club d’avant-guerre, mais les résultats ne justifient pas l’association et le club redevient Auda en 1994. Le FK Auda accède pour la première fois à la Virslīga en 2002, mais ne parvient à s’y maintenir que deux saisons. De facto sans domicile fixe depuis le début des années 2000, le FK Auda quitte Rīga en 2005 pour s’installer plus à l’intérieur des terres, dans la ville de Ķekava. Un nouveau stade y est mis en place, et le club entame alors un long chemin de 17 ans pour retrouver la Virslīga.

Promu pour la saison 2021/22, le FK Auda connaît à ce moment une nouvelle transformation. Pour sécuriser les moyens de financer sa présence dans l’élite, le club est intégré au « groupe Riga FC » : l’équipe première est détachée du reste de la structure basée à Ķekava et rapatriée à Rīga, afin de partager les infrastructures (et des joueurs) avec le Riga FC. La partie restée à Ķekava poursuit son rôle d’académie et évolue en troisième division sous le nom de FK ĶEKAVA/AUDA. De son côté, le FK Auda remporte la Coupe de Lettonie dès sa première saison de retour en Virslīga, puis décroche son tout premier bronze en 2023.

Auda signe ensuite une campagne de qualifications européenne très réussie en Conference League en 2024, allant jusqu’à mener, à un moment, le classement de la compétition au nombre de victoires, avant d’être éliminé lors du match retour du troisième tour de qualification. L’année suivante est plus décevante, sur la scène nationale comme à l’international, même si Auda parvient à soulever une deuxième Coupe de Lettonie, en battant le solide Riga FC lors d’une finale chargée d’émotion, après avoir éliminé le RFS – vainqueur de la Coupe 2024 – en demi-finales.