Le FC Flora (également appelé FC Flora Tallinn) est un club professionnel estonien, présent en Premium Liiga depuis la saison inaugurale (1992). Flora est le club le plus titré d’Estonie : 15 fois champion et huit fois vainqueur de la Coupe d’Estonie. Il est aussi le premier club estonien à atteindre la phase de groupes de l’UEFA Conference League (saison 2021/22), où il obtient une victoire et deux matches nuls dans un groupe composé de La Gantoise, du Partizan et de l’Anorthosis.

Le FC Flora est fondé le 10 mars 1990 par Aivar Pohlak (actuel président de la Fédération estonienne de football), avec l’objectif de relancer le football dans le contexte de la restauration de l’indépendance estonienne. Dans les années 1990, Flora sert d’équipe-base de la sélection nationale estonienne, ce qui provoque des tensions avec d’autres clubs (dans une situation comparable à celle vécue en Lettonie avec le Skonto FC).

Le premier titre de Pohlak et de Flora arrive lors de la troisième saison du club en Premium Liiga (1993/94), remportée à l’issue d’un match de barrage gagné 5-2 contre Norma. Mais cette rencontre est entourée de controverse. Avant la fin de la dernière journée, le leader FC Tevalte est disqualifié sur fond d’accusations de corruption. Flora et le FC Norma, à égalité de points en tête du classement, doivent alors disputer un match supplémentaire, et le FC Norma aligne ses jeunes en signe de protestation contre l’exclusion de Tevalte.

Flora est connu pour son approche nationaliste du développement du club et de sa politique de transferts : le club ne recrute que des joueurs estoniens et, dès l’origine, affiche comme objectif explicite de développer le football estonien. Une démarche qui a porté ses fruits, avec des joueurs comme Andres Oper, Mart Poom ou encore Ragnar Klavan, passé par Liverpool, issus du système Flora. Cette philosophie alimente aussi le célèbre derby de Tallinn face au FCI Levadia, historiquement perçu comme davantage lié à la population russophone.

En 2016, Aivar Pohlak confie officiellement le FC Flora à son fils Pelle Pohlak, en affirmant publiquement un modèle de « club familial ». Flora remporte cinq titres de champion depuis cette passation. Depuis l’été 2024, l’équipe est entraînée par Konstantin Vassiljev, légende de Flora et de la sélection, fort de 158 sélections avec l’Estonie.