Même si le BFC Daugavpils n’a pas encore remporté de trophées majeurs, le club est surtout connu pour son travail de formation et son accent mis sur les jeunes via une académie considérée comme l’une des meilleures de Lettonie. De nombreux talents, lettons comme étrangers, sont passés par son système de jeunes. Parmi les noms les plus marquants figurent Cedric Kouadio (FC RFS), Chinonso Offor (Chicago Fire), Antonijs Černomordijs et Eduards Dašķevičs (Riga FC). Cette priorité donnée à la formation est au cœur de l’identité du club : d’ailleurs, le « BFC » de « BFC Daugavpils » est un héritage des débuts et signifie « Bērnu futbola centrs », soit « centre de football pour enfants ».

Ces dernières saisons, le BFC Daugavpils a le plus souvent terminé dans la zone médiane ou basse du classement. En 2024, le club signe toutefois une 5e place, son meilleur résultat récent. L’entraîneur actuel, Kirils Kurbatovs, en poste depuis plusieurs saisons, a joué un rôle important dans la progression de l’équipe.

Aujourd’hui, le BFC Daugavpils est le seul club à représenter la ville de Daugavpils et l’ensemble de la région de Latgale dans l’élite du football letton. Mais l’histoire locale est bien plus ancienne. Le football à Daugavpils remonte à l’entre-deux-guerres, faisant de la ville l’un des berceaux régionaux du football en Lettonie. Le premier club connu à représenter la deuxième plus grande ville du pays est le Daugavpils ASK (« ASK » signifiant « club sportif de l’armée », section de Daugavpils), officiellement fondé vers 1924. Son plus grand succès arrive très vite : en 1926 (un an avant la création de la Virslīga), l’ASK décroche le bronze dans un championnat national disputé entre Riga et quatre champions régionaux. Daugavpils termine troisième, derrière le redoutable Liepājas Olimpija et le légendaire Riga FK. Ce podium reste toutefois le sommet de la période d’avant-occupation, car le développement du football dans les régions accuse généralement un retard sur la capitale — et plus encore en Latgale.

Sur le plan régional, le Daugavpils ASK profite longtemps de son statut de pionnier et domine les premières années du football en Latgale, même si un environnement plus compétitif se met en place dans les années 1930. L’ASK devient malgré tout champion régional à deux reprises, en 1934 et en 1938. Avec l’arrivée de l’occupation soviétique, puis le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale et la réoccupation soviétique, le football de Daugavpils traverse les mêmes cycles que le reste du pays : dissolution des clubs lettons, création d’organisations sportives soviétiques, reconstitution de clubs lettons, compétitions sous occupation allemande, nouvelle dissolution, puis transition vers le système soviétique « Dynamo vs Daugava » imposé en Lettonie (les équipes « Dynamo » étant liées aux organes de sécurité intérieure de l’URSS — KGB, ministère de l’Intérieur, etc. — et les équipes « Daugava » à l’appareil local du parti communiste, à l’image des « Spartak » ailleurs dans l’Union soviétique).

À mesure que Daugavpils devient une ville d’industrie lourde, d’autres clubs se multiplient. Dans les années 1960, le « Celtnieks » (« Bâtisseur ») de Daugavpils est compétitif dans le championnat de Lettonie occupée, avec une 6e place en 1960 et une finale de Coupe perdue en 1961. Malgré ces éclairs, il faut encore attendre pour voir le football local franchir un palier. En 1975, un autre club de la ville, « Ķīmiķis » (« Chimiste »), prend le bronze du championnat national ; l’année suivante, il remporte la coupe nationale et décroche l’argent en championnat. En 1978, le « Chimiste » devient champion national, ne concédant qu’une seule défaite sur toute la saison. Une autre Coupe suit en 1979 et, après un changement de nom en Celtnieks (« Bâtisseur ») en 1987, un dernier trophée arrive en 1991, en finale contre un Forums/Skonto tout juste créé et encore peu connu.

Les années 1990 sont ensuite une période turbulente, au moment où la Lettonie retrouve puis consolide son indépendance et bascule vers la démocratie et l’économie de marché. Le football n’échappe pas à cette instabilité, avec de nombreux clubs qui apparaissent et disparaissent rapidement. Finalement, un club, Dinaburgs, s’impose comme le principal représentant de Daugavpils au milieu et à la fin des années 1990 : il remporte son unique titre de Virslīga en 1995 et fait ses débuts européens en 2006.

Au début des années 2000, un deuxième club de Daugavpils émerge : Ditton. Fondé en 2001, Ditton obtient la montée en élite en 2003, s’y installe en 2006 après une relégation en 2004. Après cette deuxième promotion, le club change aussi de nom, récupérant le nom, l’identité et l’histoire du FK Daugava de Riga (1944-2003). Ce nouveau FC Daugava remporte la Coupe de Lettonie en 2009. Dans le même temps, Dinaburg est rattrapé par un scandale de matches truqués, et son président et entraîneur principal, Tamaz Pertia, est banni à vie du football par la fédération lettone.

Entre les difficultés financières de Daugava liées à la crise financière mondiale et les problèmes multiples du voisin Dinaburg, les deux clubs de Daugavpils fusionnent pour n’en former qu’un, en conservant le nom FC Daugava. L’interdiction à vie visant l’ancien entraîneur de Dinaburg, Tamaz Pertia, est mystérieusement levée en 2010, et il prend les rênes de ce nouveau Daugava jusqu’en 2011. Après son départ, le club remporte la Virslīga en 2012, puis la première Supercoupe de Lettonie en 2013.

Mais les ennuis judiciaires ne disparaissent pas avec la fin de Dinaburg. En 2014, huit personnes liées au club sont arrêtées dans une vaste enquête pour fraude et, en 2015, le club se voit refuser une licence. Cela signe la fin : l’entité cesse d’exister, si ce n’est de nom.

C’est dans ce contexte que le BFC Daugavpils émerge à partir de l’équipe junior de Daugava. En partie en réaction au caractère criminel et toxique qu’avait pris le football à Daugavpils, l’objectif affiché du BFC Daugavpils, dès le départ, est de tourner la page et de repartir de zéro, en popularisant le football auprès des enfants et des jeunes de la ville. Le club est dirigé par le président Aleksandrs Isakovs et le directeur exécutif Nauris Mackevičs.

Après sa 5e place en 2024, Daugavpils fait ses débuts européens l’année suivante, en raison de l’échec du Valmiera FC, 4e, à obtenir une licence pour l’élite pour des raisons financières. Au premier tour de qualification de l’UEFA Conference League, le club tombe sur les Albanais du FK Vllaznia : victoire 1-0 à l’extérieur, puis défaite 4-2 à domicile.