FS Jelgava est une version légèrement relookée de l’ancien FK Jelgava (FS = Football School ; FK = Football Club) qui, lors du processus de licences de la Virslīga 2021, a dû se retirer de l’élite après dix saisons consécutives en raison de difficultés financières persistantes. Jusqu’à ce point de rupture, le FK Jelgava restait un club au patrimoine singulier et important dans le paysage du football letton.

Fondé en 2004, le FK Jelgava revendiquait une filiation qui remontait au début des années 1970, à l’époque où l’équipe représentait une usine de construction automobile de Jelgava. En 1977, le club est officiellement inauguré sous le nom de « Metālists Jelgava », club de l’usine métallurgique locale, avant de revenir trois ans plus tard dans le giron de l’usine automobile et de devenir « Automobīlists Jelgava ». Quel que soit son nom, l’équipe peine alors dans les profondeurs du championnat de la RSS de Lettonie, ne dépassant le milieu de tableau que lors de ses meilleures périodes. En 1988, le club est sur le point d’être relégué, mais l’élargissement de la ligue à 12 équipes lui permet de se maintenir. La même année, il est repris par la RAF (Riga Bus Factory), l’un des deux seuls producteurs de fourgonnettes et minibus pour l’ensemble de l’URSS (l’autre étant UAZ), et devient RAF Jelgava.

Sous l’occupation soviétique, RAF Jelgava s’impose immédiatement comme une place forte du football letton. Le club remporte le championnat en 1988 et 1989, et soulève aussi la Coupe de Lettonie en 1988. Après le retour de l’indépendance et la réinstallation de la Virslīga, RAF Jelgava reste parmi les têtes d’affiche, terminant trois fois deuxième derrière Skonto Riga entre 1992 et 1995. À cette période, l’usine automobile RAF est déjà au bord de l’insolvabilité et ne peut plus soutenir le club. En 1996, un financement est obtenu auprès de l’Université de Lettonie et l’équipe déménage à Rīga sous un nouveau nom : RAF Rīga.

Cette année-là, RAF Rīga termine 5e, tout en réussissant à remporter une nouvelle fois la Coupe de Lettonie. Le nom change encore l’année suivante et, à la fin de 1997, le club — désormais appelé « Universitāte Rīga » — finit par s’effondrer et cesse d’exister.

L’entité RAF Jelgava réapparaît en 2001, en intégrant le deuxième niveau de la pyramide lettone. Elle se maintient tant bien que mal au-dessus de la zone de relégation pendant trois ans, avant de fusionner en 2004 avec un autre club de Jelgava évoluant dans la même division, le FK Viola Jelgava, pour former le FK Jelgava.

Le FK Jelgava remporte la deuxième division en 2009 et découvre la Virslīga en 2010. Il gagne sa première Coupe de Lettonie dès cette saison-là. Au cours des neuf saisons suivantes, le FK Jelgava évolue le plus souvent entre le milieu et le bas de tableau, à l’exception de 2014 (3e) et 2016 (2e). Le club ajoute trois Coupes de Lettonie à son palmarès, en 2014, 2015 et 2016. Le 2 septembre 2010, le FK Jelgava dispute un match amical contre Blackpool FC (alors en Premier League) pour célébrer l’ouverture du Zemgale Olympic Centre à Jelgava. La rencontre se joue en présence du président de la Lettonie Valdis Zatlers et de l’ambassadeur britannique en Lettonie. Le FK Jelgava s’impose 2-1.

Malgré des difficultés récurrentes en Virslīga, le FK Jelgava s’offre des parenthèses européennes grâce à son impressionnant rendement en Coupe. Lors de la saison 2016-2017, le club atteint même le troisième tour de qualification de l’UEFA Europa League, avant de s’incliner contre Beitar Jerusalem 1-4 sur l’ensemble des deux matches. Mais, scénario familier, les problèmes financiers finissent par rattraper le club, qui échoue à obtenir une licence de Virslīga en 2021. Le FK Jelgava est alors dissous puis reconstruit sous le nom de FS Jelgava : un club détenu par plusieurs des mêmes personnes et reposant sur les mêmes infrastructures, mais porté désormais par une stratégie de développement axée sur la formation de talents locaux. De son côté, le FK Jelgava devient JFC Jelgava (JFC signifiant « Jelgava Football Centre ») et repart au bas de la pyramide. Le club est promu au troisième niveau après une saison 2023 réussie et, en février 2024, JFC Jelgava change (à nouveau) de nom pour devenir JFC Viola, récupérant ainsi l’identité et l’héritage du club qui avait fusionné avec RAF Jelgava deux décennies plus tôt.

Le FS Jelgava retrouve la Virslīga en 2023 et termine 6e, tout en séduisant un large public grâce à une équipe jeune, sympathique et majoritairement locale, capable de compliquer la tâche même aux cadors du championnat (dont une victoire 5-3 à l’extérieur contre Riga FC lors de la 28e journée). La saison suivante est nettement plus difficile : l’équipe finit dernière de manière nette et est reléguée en deuxième division. Toutefois, Valmiera FC étant privé de licence pour 2025 en raison de problèmes financiers, et Jelgava ayant rempli toutes les conditions requises en tant que candidat de réserve, le club conserve sa place dans l’élite lettone.

FS Jelgava est l’un des clubs les plus résilients de Lettonie, s’appuyant sur un vaste système d’académie et figurant parmi les rares structures à posséder des infrastructures essentielles.