Žalgiris Vilnius est le club le plus emblématique et le plus titré du football lituanien, fondé en 1947. Il détient un record de 11 titres de champion de Lituanie (première division) et compte 14 Coupes de Lituanie à son palmarès.

Žalgiris a évolué dans le système des ligues de l’Union soviétique de 1947 à 1989. En 1987, le club a signé sa saison la plus réussie en terminant 3e de la Soviet Top League. Il s’est qualifié pour la Coupe de l’UEFA pour la première fois, où il a fait ses débuts contre l’Austria Wien.

Après la déclaration d’indépendance de la Lituanie, le 11 mars 1990, Žalgiris a quitté immédiatement la Soviet Top League. Malgré le départ de la plupart de ses joueurs clés, il faisait partie des favoris pour remporter la saison inaugurale de l’A Lyga. Il a gagné la saison régulière en ne perdant qu’un seul match sur 32, mais s’est incliné contre Ekranas en demi-finale des play-offs.

La saison suivante, le club a remporté deux titres de champion consécutifs. Ces deux sacres ont été les seuls dans les années qui ont suivi, à mesure que de nouveaux prétendants se sont imposés : après avoir terminé vice-champion à cinq reprises lors des six saisons suivantes, Žalgiris a remporté le titre A Lyga 1998/99 (la dernière saison disputée de l’automne au printemps). Ce fut également son dernier titre de champion pendant plus d’une décennie, alors que ses principaux rivaux, FBK Kaunas et FK Ekranas, ont pris le contrôle du football lituanien en remportant les 14 titres A Lyga suivants. Sur le plan financier, Žalgiris a connu de grandes difficultés, en particulier après l’arrestation de son propriétaire, Vadim Kastujev, à Moscou. Le club a tenu jusqu’à la fin de la saison 2008, mais n’a pas pu satisfaire aux exigences financières pour 2009. En réponse, des supporters ont fondé un nouveau club, VMFD Žalgiris, en conservant les mêmes joueurs et le même staff.

La candidature du club pour intégrer l’A Lyga a été refusée, et il a donc évolué en deuxième division. Bien qu’il ait terminé dernier cette saison-là, il est revenu en A Lyga l’année suivante, après le retrait d’autres clubs pour raisons financières.

Le nouveau club a d’abord connu des difficultés, mais a rapidement rebondi et retrouvé l’A Lyga en un an. Depuis 2011, Žalgiris est resté régulièrement au plus haut niveau, ne terminant jamais plus bas que la deuxième place et remportant huit titres de champion supplémentaires. Il est également entré dans l’histoire en devenant la première équipe lituanienne à atteindre la phase de groupes d’une compétition de l’UEFA lors de l’Europa Conference League 2022/2023, où il a terminé avec cinq points.