Le FC Nõmme United a été fondé en 2000 et est basé dans le quartier de Nõmme, à Tallinn. Le club est surtout connu pour son modèle de formation, avec un engagement de long terme visant à améliorer la qualité du football des jeunes grâce à l’encadrement, aux standards d’entraînement et à des conditions modernes.

Fondé par Enn Loog, le club a d’abord évolué sous les noms Eesti Telefoni SK et FC Elion, avant d’adopter en 2006 l’appellation FC Nõmme United. Dès ses premières années, le développement du club a été soutenu par l’ancien gardien international estonien Mart Poom. Après la fin de sa carrière, une structure dédiée, la Mart Poom Football School, a été créée et intégrée au système de formation de Nõmme United.

Au niveau senior, Nõmme United a passé 13 saisons (2005–2017) en II liiga (quatrième niveau), avant d’obtenir la montée en 2017 en remportant son championnat et en accédant à l’Esiliiga B. Après une première saison d’Esiliiga B conclue en milieu de tableau (5e), le club a assuré sa place en Esiliiga en 2019. À l’issue de la saison 2022, Vladimir Vassiljev a été nommé entraîneur principal et le club s’est fixé l’objectif d’atteindre la Premium Liiga en trois saisons. Cette ambition a été réalisée immédiatement : en 2023, Nõmme United a remporté l’Esiliiga avec 90 points et a été promu. La saison de débuts en Premium Liiga s’est révélée difficile, marquée par des changements d’entraîneur dès le début du championnat, et l’équipe a terminé dernière avec seulement 15 points, synonyme de relégation en Esiliiga.

La saison 2025 a constitué une étape importante sur le plan structurel : aux côtés de l’équipe première, engagée au niveau Esiliiga A, l’équipe U21 a atteint pour la première fois un niveau sous licence et évoluera en Esiliiga B. Pour 2026, l’objectif affiché du club était de retrouver l’élite, ce qu’il a réussi, en établissant au passage un nouveau record de points (92) et de buts marqués (125). Le club encadre 14 groupes de jeunes, soit environ 304 garçons et filles.

Le FC Nõmme United s’entraîne et dispute ses matches à domicile au stade de Männiku, à Tallinn.