Le FC Kuressaare est un club estonien basé à Kuressaare, sur l’île de Saaremaa. C’est le seul club insulaire de l’élite dans les pays baltes. Le club est fondé le 14 mars 1997. Son prédécesseur est le club de jeunes BB Sport, qui avait commencé à promouvoir le football dans la région sous la direction de Johannes Kaju. Kuressaare intègre la pyramide estonienne dès 1997, lorsque le club, rassemblant les meilleurs joueurs de l’île, s’inscrit au plus bas niveau du football national.

Le premier président et entraîneur du club est Aivar Pohlak, aujourd’hui président de la Fédération estonienne de football, qui dispute également des matches lors de la toute première saison du club. Le président actuel est Priit Penu, natif de Kuressaare, que l’on voit en tribune à chaque match à domicile. Selon le récit, Aivar Pohlak l’aborde en 1999 pour lui demander s’il souhaite aider au développement du football à Saaremaa — ce qu’il accepte.

Pour ses débuts en première division en 2000, Kuressaare se forge rapidement une réputation d’équipe « ascenseur » : jusqu’à la saison 2009, le club enchaîne promotions et relégations huit saisons de suite. Après avoir mis fin à cette série et disputé cinq saisons consécutives dans l’élite, Kuressaare est relégué en Esiliiga en 2013, puis descend même en Esiliiga B (3e niveau) après la saison 2015.

Le retour en Premium Liiga est toutefois rapide, grâce à deux promotions d’affilée. Le club évolue désormais dans l’élite depuis sept saisons. Kuressaare franchit une nouvelle étape dans son développement en 2020, lorsque Marco Lukka devient le tout premier joueur pleinement professionnel de l’histoire du club, grâce aux mécanismes de solidarité nouvellement introduits.

Après avoir survécu à la lutte pour le maintien en Premium Liiga en 2025, le club réalise un pas majeur vers le long terme : pour la première fois de son histoire, il devient entièrement professionnel au début de 2026.