Le Tallinn FCI Levadia est un club professionnel estonien, fondé le 22 octobre 1998, lorsque l’entreprise de l’homme d’affaires ukrainien Viktor Levada devient le sponsor officiel d’Olump, un club de Maardu évoluant alors en Esiliiga (deuxième division). Olump change ensuite de nom pour devenir Maardu FC Levadia.

Dès sa première saison sous ce nouveau régime, le club obtient la montée en Premium Liiga. Un an plus tard, il entre dans l’histoire en devenant la première équipe estonienne à réaliser le triplé national (Premium Liiga, Coupe d’Estonie et Supercoupe), un exploit qu’il répète la saison suivante.

En 2004, Levadia s’installe officiellement dans la capitale estonienne, Tallinn. Le club passe de Maardu FC Levadia à Levadia Tallinn. Cette période correspond aussi au meilleur passage de l’équipe sous la direction de Tarmo Rüütli, entraîneur estonien en poste de 2003 à 2008, qui mène Levadia à trois titres de champion et trois Coupes. Après son départ, Tarmo Rüütli conduit la sélection estonienne à son meilleur classement FIFA (47e en 2012) et frôle la qualification pour l’Euro 2012, ne s’inclinant contre l’Irlande qu’en barrage qualificatif.

Le 4 novembre 2017, la fusion entre le FC Levadia et le FCI Tallinn (mieux connu sous le nom de FC Infonet Tallinn), champion d’Estonie 2016, est annoncée. Un nouveau changement de nom suit un mois plus tard : le FC Levadia devient Tallinn FCI Levadia. En 2019, le club s’installe dans le stade de son plus grand rival, le FC Flora : l’A. Le Coq Arena.

La rivalité entre les deux clubs — le derby de Tallinn — est le plus grand derby d’Estonie. À eux deux, ils figurent parmi les clubs les plus titrés du pays, mais ce duel dépasse la question des trophées. Au début des années 2000, la langue et la nationalité font aussi partie des lignes de fracture : Levadia est alors perçu comme le club de référence pour la population russophone de la ville, tandis que Flora est associé aux estonophones. Avec le temps, cette perception des supporters de Levadia a cependant évolué.