Le Tartu JK Tammeka est un club professionnel basé à Tartu. Il est fondé en 1989, peu avant le retour de l’indépendance estonienne. À l’origine, il s’agit d’un club uniquement dédié au football de jeunes, créé par Hillar Otto, Avo Jakovits et Heino Ligi. Le bleu et le blanc sont choisis comme couleurs, directement inspirées du drapeau de l’Estonie indépendante, comme une prise de position explicite en soutien au mouvement pour l’indépendance.

Bien que fondé en 1989, le club n’intègre la pyramide du football estonien qu’en 2000. Avec deux promotions consécutives lors de ses deux premières saisons, il atteint l’Esiliiga. Après deux saisons infructueuses à tenter l’accession à l’élite, Tammeka remporte finalement l’Esiliiga en 2004.

En 2007, Tammeka fusionne avec le rival local Maag, dans l’idée de bâtir à Tartu un club capable de défier les grandes équipes de Tallinn. Le projet tourne mal et, après la saison 2008, Tammeka reprend son activité en tant que club indépendant.

À l’été 2009, l’équipe est rachetée par Babak Ashfar et son épouse Jane Afshar, cette dernière étant nommée présidente du club. Mais cette nouvelle direction ne s’avère pas concluante : en 2014, Tammeka se voit refuser la licence de Premium Liiga en raison d’obligations financières non respectées. Finalement, la licence est accordée à l’académie du club, Jalgpallikool Tammeka, ce qui assure la continuité de Tartu Tammeka, mais sous une nouvelle entité juridique. L’équipe est actuellement entraînée par Marti Pahn.