Le FK Kauno Žalgiris est un club professionnel basé à Kaunas, en Lituanie. Il est fondé en 2004 sous le nom de FM Spyris Kaunas, lorsque des entraîneurs scolaires décident d’offrir une continuité aux joueurs sortis de leur programme, afin qu’ils puissent poursuivre une carrière professionnelle.

À ses débuts, le club évolue dans les divisions les plus basses du football lituanien. Au début des années 2010, il connaît plusieurs promotions et, en 2015, affiche clairement son ambition d’intégrer l’élite. Cette démarche s’inscrit dans une volonté de contribuer au renouveau du football dans la capitale temporaire de la Lituanie. Avant le début de la saison 2015, qui marque ses débuts en A Lyga, le club annonce un partenariat avec le BC Žalgiris et son intention d’adopter le nom Žalgiris. La décision provoque une controverse en Lituanie : le FK Žalgiris Vilnius, club le plus emblématique du pays, dépose une plainte, s’appuyant sur les règlements de la LFF interdisant à deux équipes de porter le même nom.

Kauno Žalgiris adopte officiellement son nouveau nom au début de la saison 2016. La procédure juridique autour de cette décision dure deux ans et se conclut en faveur de Kauno Žalgiris. Après des débuts compliqués en A Lyga, les dernières années constituent la meilleure période de l’histoire du club. Kauno Žalgiris obtient une 2e place en 2022 et trois 3e places en 2020, 2021 et 2024, s’installant comme un candidat sérieux aux médailles et à la conquête de ses premiers trophées.

Depuis 2015, le club dispute ses matches à domicile au stade Darius et Girėnas. Il appartient au directeur général de l’EuroLeague Paulius Motiejūnas et à la légende du basket lituanien Mantas Kalnietis, qui occupe le poste de président du club.

En 2025, le Kauno Žalgiris a remporté le premier titre de champion de Lituanie de son histoire, terminant en tête avec huit points d’avance. Ce sacre lui a assuré une première participation à la Ligue des champions en 2026, ainsi qu’une finale de Supercoupe de Lituanie contre Panevėžys, remportée 1-0, ajoutant ainsi un nouveau trophée à une armoire qui continue de s’étoffer. Au-delà du titre, 2025 a aussi marqué une forte progression de l’engagement des supporters, avec une hausse de près de 400 % de l’affluence moyenne. Le club a également établi un record d’affluence pour un match de championnat dans les pays baltes cette saison-là, avec 6 575 spectateurs lors du match nul 0-0 de la 6e journée contre Sūduva.