L’Académie de football de Šiauliai, plus connue sous le nom de FA Šiauliai, est un club lituanien fondé en 2007 après la fusion du club VšĮ « Napoleono » et de l’école de sport Klevo. Pendant les dix premières années de son histoire, FA Šiauliai évolue dans les championnats régionaux et les divisions inférieures du football lituanien.

En 2019, le club de Šiauliai dépose une demande de licence pour la deuxième division lituanienne, alors même qu’il n’avait terminé que 6e la saison précédente en troisième division. La licence n’est pas accordée, mais une participation exceptionnelle est autorisée, et le club termine 6e dès sa première saison au deuxième échelon.

Lors de la saison 2021, FA Šiauliai figure parmi les leaders et fait partie des principaux candidats à la montée en A Lyga. Lors du dernier match, FA Šiauliai affronte le Jonava FC : une victoire est nécessaire pour les rejoindre au classement. Le club s’impose 1-0 et revient à égalité de points. Un « match d’or » est alors programmé, dont le vainqueur remporte la deuxième division. FA Šiauliai l’emporte après avoir battu le Jonava FC aux tirs au but et décroche le titre.

Pour sa première saison en A Lyga, FA Šiauliai termine 7e. La saison suivante, le club réalise la meilleure année de son histoire avec une 3e place, synonyme de ses premiers matches européens la saison suivante, où il s’incline sur l’ensemble des deux rencontres contre le FCI Levadia.

FA Šiauliai est réputé pour sa politique officieuse de mise en avant des joueurs locaux. Lors de la saison 2024, ses seuls joueurs non lituaniens sont l’attaquant letton Dāvis Ikaunieks et le latéral droit ukrainien Yevgen Yefremov, deux vétérans de 30 ans.